Az immunrendszer feladata a szervezet védelme a kórokozókkal szemben. Ha a szervezetbe valamilyen, az egészségünkre veszélyes anyag kerül, például vírus vagy baktérium, akkor az immunrendszer az érintett területen mozgósítja a védelemért felelős sejteket. Ezek leküzdik a fertőzést, így jutunk túl például egy náthán vagy az influenzán is.
Előfordulhat, hogy az immunrendszer a számára valójában veszélytelen, a szervezet saját sejtjeit is ellenségként ismeri fel. Ilyenkor ugyanúgy lép fel, mint a kórokozókkal szemben és autoantitesteket küld, hogy harcoljanak a szervezet saját sejtjei ellen. Ez a harc, amiben a szervezet a saját egészséges sejtjeit pusztítja érinthet egy adott szervet – például az 1-es típusú diabétesz esetén a hasnyálmirigyet -, de az autoimmun betegség lehet szisztémás is, vagyis tünetei az egész szervezetben is jelentkezhetnek, mint például a lupusz esetében.