Más típusú molekuláris biológiai eljárásokhoz hasonlóan, a farmakogenomikai vizsgálatok is általában csak kis mennyiségű mintát igényelnek, amely lehet vér vagy más testüregfolyadék, de akár szövetdarab, vagy szájnyálkahártya kaparék is. Az eredmények hozzásegítik az orvost ahhoz, hogy megbecsülje, hogy a betegnél hatékonyan alkalmazható-e a válaszoltott gyógyszeres terápia. A vizsgálat órák alatt eredményt szolgáltat, nem úgy, mint a "próbálgatásos" módszernél, amikor napokat-heteket kellett várni, hogy kiderüljön, beválik-e a gyógyszer. Ráadásul ez az eljárás lényegesen kevesebb rizikóval jár a páciens számára.
A betegek gyógyszer-metabolizációs képessége
A gyógyszeres terápia megkezdése előtt kulcsfontosságú annak vizsgálata, hogy egy páciens hogyan metabolizálja az egyes gyógyszereket. A metabolikus folyamatokról nyert információ az, amely képes jelezni az orvosnak, (és nem mellékesen a páciensnek) az alkalmazott gyógyszer terápiás hasznosságát.
A gyógyszerek átalakítása döntő mértékben a májban történik, ahol számos metabolizáló enzim fordul elő. Az enzimműködést befolyásoló genetikai variációk (ún. polimorfizmusok) ezeknél az enzimeknél viszonylag gyakoriak, éppen ezeknek a polimorfizmusoknak a kimutatása a cél. Néhány, a gyógyszerek átalakításában szerepet játszó enzim:
- A citokróm P450 család
- N-acetil transzferáz
- Thiopurin-metil transzferáz (TPMT)
- UDP-glucuronosil transzferáz
A citokróm P450 család: A legtöbb tanulmányozott enzim közül némelyik tagja a közel 50 májenzimet tartalmazó citokróm P450 (CYP) családnak. Ezek az enzimek több mint 30 féle gyógyszert metabolizálnak, ide sorolva az antidepresszánsokat, antiepileptikumokat, és a cardiovascularis gyógyszereket. A pácienseket fel lehet osztani a CYP enzimek által gyengén, normál, és az ultra gyorsan metabolizáló csoportokra. Ez az osztályozás a társított CYP génekben bekövetkező variációk alapján történik. Amikor egy bizonyos gyógyszert standard dózisban adnak egy gyengén metabolizáló egyénnek, akkor ő lassabban fogja feldolgozni a gyógyszert, így ez egy emelkedett gyógyszerszintet eredményez a véráramban, és lehetőséget ad mellékhatás esetleg toxicitás kialakulására. Egy ultragyors metabolizáló esetében az azonos dózis hatástalan lehet, mivel a gyógyszer feldolgozása túl gyors ahhoz, hogy teljesen kifejtse hatását. Ezeknek a gyógyszereknek a dózisát a metabolizáció sebességéhez igazítva kell megváltoztatni. A CYP család fontos, mivel a rendelkezésre álló gyógyszerek jelentős százalékának az átalakítását végzi, és a népesség egy jelentős hányada gyenge, vagy ultragyors metabolizáló.
N-acetil transzferáz: Ez egy olyan májenzim, amely egyes gyógyszereket aktivál, míg másokat hatástalanít. Néhány páciens a gyógyszereket lassan képes acetilálni (a metabolikus átalakításoknak az egyik típusa), míg más betegek a gyógyszereket gyorsan acetilálják. Azok, akik lassú acetilálók toxicitást tapasztalhatnak, amikor szedik az olyan gyógyszereket, mint a procainamid, isoniazid, hydralazin, és a szulfonamid. Azok pedig, akik gyors acetilálók, lehet, hogy nem reagálnak az isoniazidra vagy a hydralazinra. A kaukázusi, és az afro-amerikai népcsoportnak körülbelül 40-70 %-át tartják lassú acetilálónak.
Thiopurin-metil transzferáz (TPMT): Ez az enzim metabolizálja az immunszuppresszív azathioprint, és egyéb thiopurin származékokat, mint pl. a 6-mercaptopurint, és a 6-thioguanint, amelyeket akut lymphoid leukémiás gyerekek kezelésére, és az autoimmun betegségek gyógyítására használnak. A TPMT gén minden másolata egy adott TPMT enzim féleséget termel. Ez vezet az enzim aktivitási szintek 3 különböző csoportjának a kialakulásához (alacsony/alacsony, alacsony/magas és magas/magas vagy elégtelen, közepes és normál). Körülbelül 300 kaukázusi és afro-amerikaira jut 1 TPMT-hiányos. Ha ezeknek a pácienseknek egy standard dózist adnak a gyógyszerből, akkor komoly haematopoeticus (vörösvértestekre vonatkozó) toxicitást szenvedhetnek el. Sok gyógyszer ugyanakkor képes elérni a kívánt terápiás hatást olyan dózisban is, amely a "normál" dózis egytizede.
UDP-glucuronosil transzferáz: Ez az enzim részt vesz a kemoterápiás gyógyszer, az irinotecan metabolizmusában, melyet az áttétet adó vastagbéldaganat kezelésére használnak. A variációk abban a génben, amely kódolja ezt az enzimet, befolyásolhatja a páciensek képességét a fő, aktív metabolit lebontásában. A metabolit lebontásának hiánya megemeli a metabolitszintet a vérben, és felerősödhetnek a mellékhatások, amelyek lehetnek enyhébbek (pl. hasmenés) vagy súlyosabbak (pl. a fehérvérsejtszám csökkenése).
Korhoz kötött genetikai variációk
Néhány kutató a genetikai variációkban bekövetkező változásokat kutatja, hogy idővel értékelni lehessen, hogy az életkor hogyan befolyásolja a genetikai választ a gyógyszeres kezelést illetően.